005. Анализ данных секвенирования репертуаров иммунологических рецепторов - Дмитрий Болотин

Программное обеспечение для первичного анализа репертуаров иммунологических рецепторов Доклад посвящен программному обеспечению MiTCR, разработанному для анализа репертуаров иммунологических рецепторов. Будут рассмотрены основные особенности анализа сырых данных секвенирования, в частности, алгоритмы выравнивания последовательностей и коррекции ошибок в исходных данных, и кратко описаны архитектура, производительность и ближайший план развития программы. MiTCR: - реализован на Java; - открытый исходный код; - развитый интерфейс для обработки данных из командной строки; - хорошо документированный API для встраивания его функционала в другие системы (стабильные версии артефактов регулярно публикуются в Maven Centra). База данных иммунологических рецепторов Будут рассмотрены: - мотивация создания базы данных, объединяющей в себе большое количество данных экспериментов по секвенированию репертуаров иммунологических рецепторов и историй болезни доноров; - задачи, которые должна решать такая база; - предполагаемая структура данных и интерфейс; - необходимость наличия программного доступа (API) для исследователей, клиник и центров секвенирования; - результаты, полученные на простом прототипе.